Koelwater
De nieuwe centrale loost ongeveer 33 m3 koelwater per seconde. Dit koelwater wordt, net als voor de bestaande centrale, op zeven meter diepte uit de Europahaven gehaald en via een half open blokkendam in het Breekwater op de Noordzee geloosd. Temperatuurmetingen van de bestaande centrale binnen de blokkendam en op de Noordzee hebben aangetoond dat de beïnvloeding door de koelwaterlozing verwaarloosbaar is. Ook wordt de bodem van de Noordzee niet opgewarmd. Een zogenoemde lagune met een blokkendam blijkt een goede methode om het warme water te lozen zonder dat het milieu wordt beïnvloed.
Tweede Maasvlakte
Als de Tweede Maasvlakte tot stand wordt gebracht zal op de nieuwe Yangtzehaven worden geloosd. Het koelwater wordt ook in dit geval uit de Europahaven gehaald. Inmiddels is overleg met het Rotterdamse Havenbedrijf gestart om hiervoor een zodanige oplossing te creëren dat het milieu en het rendement van de centrale minimaal worden beïnvloed.