De procedure voor de Milieueffectrapportage (MER) is gestart en E.ON verwacht dat de milieuvergunningen medio 2007 zijn verleend. Het doel van de MER is om het milieubelang een volwaardige plaats te geven in alle besluiten die over de investering genomen worden.
De MER-procedure is begonnen met het indienen en publiceren van een startnotitie door E.ON. Dit is gebeurd in maart 2006. Iedereen kon reageren op de startnotitie en aangeven welke onderwerpen volgens hem of haar aandacht verdienen in de MER. Het bevoegde gezag, in dit geval de provincie, heeft daarnaast advies gevraagd aan wettelijke adviseurs.
De provinciale MER-commissie, die gedurende de gehele procedure een belangrijke adviserende rol heeft, heeft de binnengekomen reacties vastgelegd en meegewogen in een formeel ‘Advies voor de richtlijnen’ voor de MER. Het bevoegd gezag heeft daarna vastgesteld wat er precies in de MER aan de orde moet komen.
Aan de hand van deze richtlijnen heeft E.ON de MER opgesteld. Deze is eind december 2006 aan de MER-commissie en de betrokken bestuursorganen gestuurd. Maximaal tien weken later (begin maart) wordt de MER gepubliceerd. Vanaf dan kan iedereen zijn zienswijze geven op de MER. Die inspraakperiode duurt zes weken.
Na sluiting van deze periode formuleert de MER-commissie het toetsingsadvies. In dit advies staat of de MER alle informatie bevat die nodig is om een besluit te kunnen nemen over het afgeven van de vergunningen. Het is dan aan de verschillende autoriteiten om de vergunningaanvraag te beoordelen. Partijen die hierbij een rol spelen zijn Gedeputeerde Staten van Zuid-Holland, Rijkswaterstaat en de Gemeente Rotterdam. Milieudienst Rijnmond (DCMR) is de uitvoerende dienst en adviseur van Gedeputeerde Staten.
Vergunningen
Voor de bouw en inbedrijfstelling van MPP3 zijn de volgende vergunningen nodig:
| Vergunning ingevolge | Vergunningverlener |
| Wet milieubeheer | Provincie Zuid-Holland |
| Wet verontreiniging oppervlaktewateren | Rijkswaterstaat, directie Zuid-Holland |
| Wet op de waterhuishouding | Rijkswaterstaat, directie Zuid-Holland |
| Woningwet (bouwvergunning) | Gemeente Rotterdam |
| Grondwaterwet | Provincie Zuid-Holland |